Bahkan Diponegoro juga berhasil memobilisasi para bandit profesional yang sebelumnya ditakuti oleh penduduk pedesaan, meskipun hal ini menjadi kontroversi tersendiri di kalangan pasukan.
Tak sendirian, kepemimpinan perjuangan Diponegoro dibantu Kyai Mojo yang bertugas memimpin spiritual pemberontakan.
Dalam perang Jawa ini Pangeran Diponegoro juga berkoordinasi dengan I.S.K.S. Pakubuwono VI serta Raden Tumenggung Prawirodigdoyo Bupati Gagatan.
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap pasukan Pangeran Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng, sehingga terjepit.
Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda.
Hingga akhirnya pada 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil berhasil mengepung pasukan Pangeran Diponegoro di Magelang.
Taka da pilihan, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri kepada penjajah dengan satu syarat, sisa pasukannya dilepas bebas.