Sejak remaja Ning Aliya sudah terbiasa berorganisasi, sehingga wajar bila jiwa organisatorisnya telah mendarah daging.
Bahkan secara genetik, Ning Aliya sudah darah organisasi, sejak cicitnya yang mendirikan dan aktif mengembangkan NU di awal-awal periode atau saat masa penjajahan.
Tak hanya organisasi ke-NU-an, Ning Aliya juga sejak kecil aktif di organisasi umum mulai dari OSIS, Pramuka, dan lainnya.
Pengalaman Organisasi Margaret Aliyatul Maimunah:
- Ketua Korp Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia Putri (Kopri PMII) Rayon Adab IAIN Sunan Ampel Surabaya (2000-2001)
- Ketua PMII Komisariat Adab Cabang Surabaya Selatan (2001-2002)
- Pengurus Pimpinan Wilayah (PW) Ikatan Pelajar Putri Nahdlatul Ulama (IPPNU) Jawa Timur (1999-2001)
- Bendahara II PW IPPNU Jawa Timur (2001-2002)