Saat jadi pemegang komando PP IPPNU, Ning Aliya juga mendirikan Rumah Pelajar dan memelopori lahirnya Sekolah Kebangsaan Pelajar.
Di luar organisasi, Ning Aliya juga aktif dalam gerakan kepedulian terhadap isu-isu perempuan, sehingga ia terlibat dalam berbagai diskusi, penelitian, hingga perumusan beberapa kebijakan terkait perempuan dan anak.
Ia juga menjadi penulis produktif di berbagai media dan jurnal, sebagai bagian dari kampanye tentang keberpihakan terhadap isu-isu perempuan.
Ning Aliya pernah bergabung dengan lembaga penelitian perempuan, Women Research Institute (WRI) usai lulus kuliah.
Hasil Penelitian Margaret Aliyatul Maimunah:
- Kehidupan Perempuan Pesantren yang Dipoligami serta Dampaknya terhadap Anak-anak.
- Perempuan yang Bekerja di Salon Spa di Jakarta.
- Perempuan Penderita HIV
- Kebijakan tentang Terminal Tiga (Terminal Khusus TKI), Implementasinya, dan Dampaknya Terhadap TKW yang bekerja sebagai Pembantu Rumah Tangga.