Tahun 1995 karir Munarman dimulai saat bergabung sebagai sukarelawan Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) di Palembang. Ia kemudian dipromosikan sebagai Kepala Operasional organisasi yang sama di tahun 1997.
Periode 1999-2000 Munarman beralih menjadi Koordinator Kontras Aceh dan sempat menetap di sana. Ia kemudian berhasil menduduki posisi Koordinator Badan Pekerja Kontras lalu pindah dari Aceh ke Jakarta.
Baca Juga: Ayah dari Korban Kru KRI Nanggalan 402 Merasa Sudah Uzur, Rela Tukarkan Nyawa untuk Anaknya
Bulan September 2002, Munarman terpilih sebagai Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI). Ia terpilih setelah YLBHI mengalami kekosongan kepemimpinan selama 9 bulan.
Saat terpilih Munarman unggul dengan perbandingan suara 17 dari 23 orang, mengalahkan Daniel Panjaitan yang saat itu menjabat Wakil Direktur YLBHI Jakarta.
Bulan April 2008, Munarman sebagai Ketua dari An Nashr Institut, bersama almarhum Joserizal Jurnalis, Ketua Presidium Medical Emergency Rescue Committee (MER-C) - mengadakan konferensi Pers yang berisi pernyataan permintaan agar pemerintah Indonesia tidak memperpanjang kerjasama dengan Institut Riset Angkatan Laut AS Naval Medical Research Institute, Unit No 2 (NAMRU-2)
Konferensi pers ini juga meminta pemerintah RI mendeportasi staf dan pegawai NAMRU-2 yang telah merugikan Indonesia karena menikmati status bebas pajak, akomodasi gratis, dan memiliki kekebalan diplomatik. Apalagi operasional Namru-2 terus berjalan di tengah kontraknya sudah habis. *** (Arif Rahman/Jurnal Medan)