Akhirnya, pada Rabu dini hari 21 April 2021 kapal dinyatakan hilang di perairan sisi utara pulau Bali.
Kemudian pada Sabtu, 25 April 2021 pukul 09.40 Wita, KRI Nanggala-402 berhasil ditemukan di kedalaman 838 meter di bawah perairan Bali bagian utara.
Setelah ditemukan, kondisi KRI Nanggala-402 diketahui terbelah menjadi tiga bagian.***